Sau 25 năm tái lập tỉnh, cùng với sự phát triển chung của các địa phương trong tỉnh, Đảng bộ và nhân dân huyện Kim Sơn đã bám sát chủ trương, đường lối, chính sách, pháp luật của Đảng và Nhà nước; đoàn kết, thống nhất, phát huy truyền thống đơn vị anh hùng, tranh thủ thời cơ, vận dụng phù hợp với điều kiện của địa phương, thực hiện thắng lợi các nhiệm vụ phát triển kinh tế - xã hội, an ninh - quốc phòng. Thực hiện đường lối đổi mới của Đảng và chủ trương về phát triển kinh tế biển, tỉnh Ninh Bình và huyện Kim Sơn đã tăng cường công tác lãnh đạo, chỉ đạo, quản lý và tập trung khai thác có hiệu quả, thu hút đầu tư phát triển kinh tế biển.Kinh tế biển được đầu tư phát triển và trở thành ngành kinh tế mũi nhọn, là một trong các chương trình trọng tâm, trọng điểm trong chiến lược phát triển kinh tế của huyện Kim Sơn. Việc đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng kỹ thuật vùng ven biển Kim Sơn được triển khai thực hiện tương đối đồng bộ, với tổng kinh phí hàng chục nghìn tỷ đồng. Nhiều công trình đã hoàn thành đưa vào sử dụng đã góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội trong vùng, như: Các tuyến đê BM1, BM2, BM3; dự án cơ sở hạ tầng thủy lợi phục vụ nuôi trồng thủy sản vùng bãi bồi ven biển; dự án đường giao thông đến trung tâm 3 xã vùng kinh tế mới ven biển; dự án khu neo đậu tránh, trú bão cho tàu thuyền cửa sông Đáy; dự án đường ĐT 481; chợ đầu mối thủy sản Kim Đông; Trung tâm phòng chống thiên tai; Đang chuẩn bị thi công đường ra trạm Biên phòng Cồn Nổi,...Cùng với chính sách đầu tư của tỉnh về cơ sở vật chất, hạ tầng kỹ thuật, huyện đã đẩy mạnh việc ứng dụng tiến bộ khoa học - kỹ thuật, cải tạo ao đầm, đưa giống mới, tăng nguồn vốn vay để đầu tư nuôi trồng, khai thác thủy, hải sản đem lại hiệu quả kinh tế cao. Những năm đầu tái lập tỉnh, thủy sản gặp rất nhiều khó khăn vì chưa có đủ điều kiện về hạ tầng, giao thông, thủy lợi và nhân dân vùng kinh tế mới chưa có đủ vốn đầu tư phát triển sản xuất, diện tích nuôi trồng ít, đến năm 2016 tổng sản lượng thủy sản đạt 23.896,6 tấn, tăng 14.025,6 tấn so với năm 2010; tổng giá trị thủy sản năm 2016 đạt trên 559 tỷ đồng, tăng trên 259 tỷ đồng so với năm 2010; Sản xuất giống thủy sản đã đạt kết quả bước đầu, đã sản xuất được giống ngao, cua và một số giống cá. Trên địa bàn huyện đã xuất hiện nhiều mô hình, cơ sở sản xuất, nuôi trồng, khai tác thuỷ hải sản đem lại hiệu quả kinh tế cao, doanh thu đạt từ 400 - 500 triệu đồng/ha/năm. Đặc biệt trong 3 năm gần đây, mô hình ươm nuôi, khai thác ngao khu vựcCồn Nổi khá phát triển, trung bình một ha cho doanh thu trên 300 triệu đồng/năm.